Si deseas que Zotero deje de descargar y guardar automáticamente copias de los PDFs cuando guardas una referencia desde el navegador: En la sección Manejo de archivos (File Handling) , desmarca la opción
Si utilizabas un USB por falta de espacio o para trabajar en la universidad y en casa, existen mejores alternativas integradas y seguras: Sincronización oficial de Zotero como se desactiva el almacenamiento usb zotero
Zotero no activa nada automáticamente. Si te pide un USB, es porque (o alguien con tu computadora) configuraste un "Almacenamiento Vinculado" apuntando a una carpeta dentro de un USB. Si deseas que Zotero deje de descargar y